Foundation Models für Pilzgenome
Eine Einführung in DNA- und Protein-Foundation-Models und ihre frühen, noch unbewiesenen Anwendungen bei der Interpretation von Pilzgenomen.
Programmübersicht
- 1.1Name des Programms
- Foundation Models für Pilzgenome
- 1.2Art des Abschlusses
- Kurs
- 1.3Anbieter / tragende Institution
- Fungaris – International Institute of Mycology, Schule für Digitale Mykologie: KI, Genomik und Daten. Ein eigenes Programm von Fungaris, nicht von einer Hochschule getragen.
- 1.4Studienform
- Online, mit Live-Sitzungen in kleiner Gruppe, Aufzeichnungen und virtuellem Campus.
- 1.5Dauer (Stunden / ECTS-Punkte)
- 3 Monate (12 Wochen) · 72 Stunden insgesamt · 6 Module à 12 Stunden · 12 Live-Sitzungen à 2 Stunden. ECTS-Punkte: entfällt (eigenes Programm von Fungaris, kein staatlich anerkannter Hochschulabschluss).
- 1.6Sprache
- Deutsch
- 1.7Beginn und Ende / Durchführung
- Nächste Durchführung: 11. Januar 2027 bis 2. April 2027. Anmeldeschluss: 4. Januar 2027. Darauf folgende Durchführung: 8. März 2027. So funktionieren die Durchführungen →
Vorstellung
2.1Beschreibung des Programms
Dieser Kurs bietet eine Einführung in DNA- und Protein-Sprachmodelle und ihre ersten Anwendungen auf Pilze. Du verfolgst den Weg von klassischen Sequenzmodellen zu großen vortrainierten Modellen, untersuchst Architekturen und Trainingsstrategien genomischer Sprachmodelle und siehst, wie diese zur Vorhersage regulatorischer Elemente und von Genfunktionen eingesetzt werden. Ein zentrales Thema ist, dass Pilzgenome in den Trainingsdaten unterrepräsentiert sind, was die Leistung auf eine Weise beeinflusst, die gemessen werden muss.
Foundation Models stoßen in der Biologie auf großes Interesse, doch ihre Anwendungen auf Pilzgenome sind bislang weitgehend unbewiesen. Forschende müssen vielversprechende Ergebnisse von Übertreibungen unterscheiden und Modelle fair prüfen können. Der Kurs richtet sich an Computational Biologists und Forschende im maschinellen Lernen, die sicher mit Python umgehen und Grundlagen des Deep Learning kennen. Im Abschlussprojekt passt du ein vortrainiertes Modell per Fine-Tuning an eine pilzbezogene Aufgabe an oder evaluierst es, vergleichst es mit einer einfacheren Baseline und verfasst einen kurzen kritischen Bericht über die Aussagekraft der Ergebnisse.
2.2Warum es relevant ist / welchen Bedarf es deckt
Es deckt einen praktischen Bedarf: angewandtes, aktuelles Wissen im Bereich Digitale Mykologie, nützlich in Feldern wie Akademische Forschung, Biotechnologie, KI und Software für die Lebenswissenschaften, Agrargenomik.
Die Mykologie entwickelt sich schnell, gute praxisnahe Weiterbildung ist aber noch selten. Dieses Programm bietet dir einen strukturierten Weg, live vermittelt von Fachleuten aus der Praxis, damit du das Gelernte sicher und überlegt anwendest.
Ziele und Kompetenzen
3.1Übergeordnetes Ziel
Dass du das Programm abschließt und seine Inhalte fachlich fundiert anwenden kannst. Kurz gesagt:
Eine Einführung in DNA- und Protein-Foundation-Models und ihre frühen, noch unbewiesenen Anwendungen bei der Interpretation von Pilzgenomen.
3.2Spezifische Ziele
- Die Grundlagen aufbauen: Von Sequenzmodellen zu Foundation Models; Genomische Sprachmodelle: Architekturen und Training.
- Sie in die Praxis umsetzen: Regulation und Genfunktion vorhersagen; Pilzgenome als unterrepräsentierte Domäne.
- Alles an einem echten Fall anwenden: Fine-Tuning, Evaluation und Benchmarks; Forschungsrichtungen und Grenzen.
- Ein Abschlussprojekt abschließen, das deine Lehrperson begutachtet.
3.3Kompetenzen, die du erwirbst
- Erklären, wie genomische und Protein-Foundation-Models trainiert werden.
- Verzerrungen in Trainingsdaten mit Folgen für Pilzanwendungen beurteilen.
- Ein vortrainiertes Modell für eine Pilzaufgabe feinabstimmen oder analysieren.
- Faire Benchmarks mit einfachen Vergleichsmodellen gestalten.
- Modellergebnisse mit angemessener Vorsicht und Einordnung berichten.
Teilnehmerprofil
4.1Für wen (Eingangsprofil)
Computerbiologen und ML-Forschende.
4.2Zugangsvoraussetzungen
Solide Python-Kenntnisse sowie Grundlagen in Deep Learning und Genomik werden erwartet, idealerweise aus früheren Kursen oder beruflicher Praxis.
4.3Berufliche Perspektiven (Abschlussprofil)
- Computational Biologist im Bereich genomischer KI
- Forschende im maschinellen Lernen für die Lebenswissenschaften
- Bioinformatiker in der biotechnologischen F&E
- Doktorand oder Postdoc im Bereich genomischer KI
- Technischer Gutachter für KI-Werkzeuge in der Genomik
Was davon realistisch ist, hängt von deiner Erfahrung und dem lokalen Markt ab.
Lehrplan
5.1Aufbau (Module und Arbeitsaufwand)
| Modul | Titel | Phase | Themen | Stunden |
|---|---|---|---|---|
| 01 | Von Sequenzmodellen zu Foundation Models | Grundlagen | 3 | 12 |
| 02 | Genomische Sprachmodelle: Architekturen und Training | Grundlagen | 3 | 12 |
| 03 | Regulation und Genfunktion vorhersagen | Praxis | 3 | 12 |
| 04 | Pilzgenome als unterrepräsentierte Domäne | Praxis | 3 | 12 |
| 05 | Fine-Tuning, Evaluation und Benchmarks | Anwendung & Projekt | 3 | 12 |
| 06 | Forschungsrichtungen und Grenzen | Anwendung & Projekt | 3 | 12 |
| Total | 72 |
6 Module × 12 Stunden = 72 Stunden: 24 Stunden Live-Sitzungen, der Rest für Selbststudium auf dem Campus, Übungen und das Abschlussprojekt.
5.2Inhalte nach Modul
Fahre über ein Modul oder tippe es an, um den Weg von der ersten Sitzung bis zum Abschlussprojekt zu verfolgen. Öffne ein Modul, um seine Themen zu sehen.
- Motive, HMMs und frühe neuronale Modelle
- Selbstüberwachtes Vortraining
- Was ein Modell zum Foundation Model macht
- Transformer- und State-Space-Architekturen
- Tokenisierung von DNA
- Trainingsdaten und Rechenaufwand
- Promotoren und regulatorische Elemente
- Vorhersage von Varianteneffekten
- Annotation von Genfunktionen
- Taxonomische Verzerrung in Trainingsdaten
- Auswirkungen auf die Leistung bei Pilzen
- Pilzspezifische Datensätze aufbauen
- Fine-Tuning-Strategien
- Faire Baselines wählen
- Benchmarks gestalten
- Vielversprechende Anwendungen
- Aktuelle Grenzen
- Ergebnisse verantwortungsvoll berichten
5.3Praktikum im Unternehmen
Dieses Programm umfasst kein Praktikum im Unternehmen. Die Praxis ist über Übungen, Fallstudien und das Abschlussprojekt in jedes Modul eingebaut.
5.4Abschlussprojekt
Eine Fine-Tuning- oder Evaluationsstudie eines Foundation Models für eine genomische Pilzaufgabe im Vergleich mit einer Baseline.
Methodik
6.1So wird unterrichtet
- Live-Sitzungen online, meist wöchentlich, mit einer Fachperson aus der Praxis und einer kleinen Gruppe.
- Aufzeichnungen jeder Sitzung, damit du bei Arbeit oder Zeitverschiebung aufholen kannst.
- Übungen und echte Fallstudien in jedem Modul.
- Betreuung: deine Lehrperson beantwortet Fragen und gibt Feedback zu Übungen und Projekt.
6.2Plattform und Ressourcen
Ein virtueller Moodle-Campus mit Aufzeichnungen, Lektüren, Übungen und Foren zu jedem Modul. Du brauchst einen Computer, einen aktuellen Browser und eine stabile Verbindung; Kamera und Mikrofon werden empfohlen.
Technische Voraussetzungen →6.3Geschätzter Wochenaufwand
Etwa 6 Stunden pro Woche über 12 Wochen: eine zweistündige Live-Sitzung an einem Wochentagabend, dazu Selbststudium und Übungen auf dem Campus in deinem Tempo.
Bewertung
7.1Bewertungssystem und Gewichtung
Der Lernfortschritt wird über die Teilnahme an den Live-Sitzungen, Notebook-Übungen in jedem Modul und ein vom Dozenten begutachtetes Abschlussprojekt bewertet.
7.2Voraussetzungen für den Abschluss
- Alle Module abschließen, durch Teilnahme an den Live-Sitzungen oder über die Aufzeichnungen.
- Die Modulübungen einreichen.
- Dein Abschlussprojekt von deiner Lehrperson freigeben lassen.
Lehrteam
8.1Akademische Leitung
Die Schule Digitale Mykologie von Fungaris verantwortet Inhalte und Qualität dieses Programms. Die akademische Leitung jeder Durchführung wird im Leitfaden genannt.
8.2Lehrende
Es unterrichten Fachleute, die in diesem Feld arbeiten. Die Lehrperson jeder Durchführung wird vor dem Start bestätigt.
Unsere Lehrenden →Zertifikat
9.1Erworbenes Zertifikat
Kurszertifikat
Nach Abschluss des Kurses und seines Projekts stellt Fungaris ein Kurszertifikat aus. Die Zertifikate von Fungaris sind eigene Zertifikate des Instituts. Ob Arbeitgeber, Schulen oder Behörden sie anerkennen, hängt von der jeweiligen Stelle und den Regeln im jeweiligen Land ab.
9.2Ausstellende Stelle / Anerkennung
Ausgestellt von Fungaris (betrieben von Nexora Generation, S.L.) als digitales Zertifikat. Es ist ein eigenes Zertifikat von Fungaris, kein staatlich anerkannter Hochschulabschluss, und es vergibt keine ECTS-Punkte.
Über unsere Zertifikate →Zulassung und Anmeldung
10.1Zulassungsverfahren (Schritte)
- Sende deine Anfrage über das Formular oder schreib der Zulassung.
- Die Zulassung prüft dein Profil und bestätigt Startdatum, Sitzungszeiten und Gebühr.
- Du sicherst deinen Platz mit vollständiger Zahlung oder einer Reservierung von 40%.
- Vor der ersten Sitzung erhältst du deinen Campus-Zugang und den Willkommensleitfaden.
10.2Erforderliche Unterlagen
- Ein gültiges Ausweisdokument.
- Kontakt- und Rechnungsdaten (privat oder Firma).
10.3Fristen
Die Anmeldung für die Durchführung ab 11. Januar 2027 ist bis 4. Januar 2027 offen oder bis die Gruppe voll ist (höchstens 20 Teilnehmende).
10.4Gebühr und Zahlungsarten
Gebühr: 390 €
- Vollständige Zahlung vor Beginn: 312 € (20% Ermäßigung).
- 40% Reservierung (156 €) und 3 Monatsraten à 78 €.
10.5Förderung, Rabatte und Finanzierung
Rabatte: 10% für ehemalige Teilnehmende von Fungaris und 15% für Gruppen ab drei Personen derselben Organisation. Rabatte sind nicht miteinander oder mit der Ermäßigung bei Vollzahlung kombinierbar.
Dein Arbeitgeber kann das Programm bezahlen und erhält die Rechnung auf den Firmennamen. Ob ein öffentliches oder betriebliches Weiterbildungsbudget die Gebühr abdeckt, hängt von deinem Land ab; frag dort nach.
10.6Stornierungsbedingungen
Die Bedingungen für Stornierung, Widerruf oder Wechsel in eine spätere Durchführung findest du in unseren Stornierungsbedingungen und in deiner Anmeldebestätigung. Deine Rechte nach dem geltenden Verbraucherrecht bleiben davon unberührt.
Stornierung und Rückerstattung →Weitere Informationen
11.1Häufige Fragen
Brauche ich Vorkenntnisse für „Foundation Models für Pilzgenome“?
Solide Python-Kenntnisse sowie Grundlagen in Deep Learning und Genomik werden erwartet, idealerweise aus früheren Kursen oder beruflicher Praxis.
Wie wird „Foundation Models für Pilzgenome“ unterrichtet?
Live online, in 6 Modulen, mit einer Fachperson aus der Praxis, einer kleinen Gruppe und einem Abschlussprojekt.
Wie werde ich bewertet?
Der Lernfortschritt wird über die Teilnahme an den Live-Sitzungen, Notebook-Übungen in jedem Modul und ein vom Dozenten begutachtetes Abschlussprojekt bewertet.
Wie sieht das Abschlussprojekt aus?
Eine Fine-Tuning- oder Evaluationsstudie eines Foundation Models für eine genomische Pilzaufgabe im Vergleich mit einer Baseline.
Welches Zertifikat erhalte ich?
Nach Abschluss des Kurses und seines Projekts stellt Fungaris ein Kurszertifikat aus. Die Zertifikate von Fungaris sind eigene Zertifikate des Instituts. Ob Arbeitgeber, Schulen oder Behörden sie anerkennen, hängt von der jeweiligen Stelle und den Regeln im jeweiligen Land ab.
Was kann ich nach „Foundation Models für Pilzgenome“ lernen?
Der naheliegende nächste Schritt ist „Zertifikatslehrgang Pilz-Bioinformatik“.
11.2Stimmen von Absolventen
Wir veröffentlichen nur geprüfte Stimmen echter Teilnehmender. Für dieses Programm gibt es noch keine; sie erscheinen hier, sobald die ersten Durchführungen abgeschlossen sind.
11.3Kontakt zur Zulassung
Schreib an info@fungaris.institute oder nutze das Kontaktformular. Die Zulassung antwortet in deiner Sprache.
Verzweige dich weiter.
Sei beim nächsten Starttermin dabei.
Zahle den Gesamtbetrag mit 20 % Ermäßigung oder sichere dir deinen Platz mit 40 % Anzahlung und zahle den Rest in Monatsraten. Alle Preise werden in Euro (EUR) angegeben.