Certificat en bioinformatique fongique
Un parcours pratique complet, de la ligne de commande à l'assemblage, l'annotation, la génomique comparative et la transcriptomique des champignons.
Un aperçu de ce que vous allez étudier et réaliser.
Le Certificat en bioinformatique fongique est un parcours pratique complet pour les biologistes qui veulent travailler avec assurance sur des données génomiques fongiques. En huit modules, vous passez de la ligne de commande Linux et des environnements de calcul haute performance aux formats de séquences et au contrôle qualité, puis à l'assemblage et à l'annotation de génomes. Vous comparez ensuite des génomes, inférez orthologie et phylogénies, et analysez l'expression des gènes par transcriptomique, en développant des compétences qui s'enchaînent en un flux de travail cohérent.
Les données génomiques éclairent désormais la taxonomie fongique, la phytopathologie, la biotechnologie et l'écologie, et la demande de profils associant compréhension biologique et compétences computationnelles ne cesse de croître. Les formations courtes laissent rarement assez de temps pour consolider toute la chaîne, des lectures brutes à la compréhension biologique. Ce certificat s'adresse aux biologistes qui se tournent vers l'analyse computationnelle et ont une première expérience de la ligne de commande ou de la programmation. Dans le projet de synthèse, vous menez un projet de génome complet, des lectures brutes à un génome annoté replacé dans son contexte comparatif et phylogénétique, accompagné d'un rapport écrit.
8 modules, un savoir qui grandit pas à pas.
Survolez ou touchez un module pour suivre le parcours, de la première séance au projet final. Ouvrez un module pour voir les thèmes abordés.
- Commandes shell et gestion des fichiers
- Scripts Bash et boucles
- Travailler sur des clusters de calcul
- Formats FASTA, FASTQ, SAM et VCF
- Évaluation de la qualité des lectures
- Rognage et filtrage
- Algorithmes d'assemblage
- Assemblage par lectures longues et hybride
- Évaluer la qualité d'un assemblage
- Masquage des répétitions
- Prédiction de gènes fondée sur des preuves
- Annotation fonctionnelle
- Inférence d'orthologie
- Évolution des familles de gènes
- Synténie et comparaison de génomes
- Alignement et sélection de modèles
- Arbres de gènes et arbres d'espèces
- Jeux de données phylogénomiques
- Conception et traitement RNA-seq
- Expression différentielle
- Enrichissement fonctionnel
- Conception de projet et choix des données
- Exécuter le flux de travail complet
- Rédiger et présenter les résultats
Certificat en bioinformatique fongique
À l’issue de la formation, vous saurez :
- Travailler efficacement sous Linux et sur des systèmes de calcul haute performance avec des scripts shell.
- Assembler et annoter des génomes fongiques à partir de données de séquençage brutes.
- Réaliser des inférences d'orthologie et des analyses de génomique comparative.
- Construire des arbres de gènes et d'espèces à partir de jeux de données génomiques.
- Analyser des données RNA-seq et interpréter les résultats d'expression différentielle.
La place de cette formation dans l’école.
Où cette formation peut vous mener.
Des métiers et des applications qui s’appuient sur ce que vous apprenez ici. Les débouchés dépendent de votre expérience et du marché local.
- Bioinformaticien dans un laboratoire de génomique fongique
- Biologiste computationnel en biotechnologie
- Analyste génomique chez un prestataire de séquençage
- Chercheur associé en phytopathologie
- Spécialiste en bioinformatique sur une plateforme technologique
- Analyste de données en génomique agricole
Prérequis, évaluation et certificat.
Conditions d’admission
Une formation universitaire ou de solides bases en biologie sont attendues, ainsi qu'une familiarité de base avec la ligne de commande ou un langage de programmation.
Modalités d’évaluation
La progression est évaluée à travers la participation aux sessions en direct, des exercices pratiques dans chaque module et un projet de synthèse évalué par le professeur.
Projet final
Un projet complet de génome fongique, des lectures brutes à un génome annoté, avec analyses comparatives et phylogénétiques.
Certificat
Certificat de spécialisation
À l’issue de la formation et de son projet, Fungaris délivre un Certificat de spécialisation. La reconnaissance des formations est évaluée en fonction du parcours suivi et de la réglementation locale de chaque pays.
Comment la formation progresse, phase par phase.
- Linux, calcul haute performance et scripts
- Formats de données de séquençage et contrôle qualité
- Assemblage de génomes
- Annotation de génomes
- Génomique comparative et orthologie
- Phylogénétique et phylogénomique
- Transcriptomique
- Projet final de génome
Recherches associées
Questions sur cette formation
Faut-il de l’expérience pour suivre la formation « Certificat en bioinformatique fongique » ?
Une formation universitaire ou de solides bases en biologie sont attendues, ainsi qu'une familiarité de base avec la ligne de commande ou un langage de programmation.
Comment se déroule la formation « Certificat en bioinformatique fongique » ?
En direct en ligne, en 8 modules, avec un professionnel en activité, un petit groupe et un projet final.
Comment suis-je évalué ?
La progression est évaluée à travers la participation aux sessions en direct, des exercices pratiques dans chaque module et un projet de synthèse évalué par le professeur.
En quoi consiste le projet final ?
Un projet complet de génome fongique, des lectures brutes à un génome annoté, avec analyses comparatives et phylogénétiques.
Quel certificat vais-je obtenir ?
À l’issue de la formation et de son projet, Fungaris délivre un Certificat de spécialisation. La reconnaissance des formations est évaluée en fonction du parcours suivi et de la réglementation locale de chaque pays.
Que puis-je étudier après la formation « Certificat en bioinformatique fongique » ?
L’étape suivante naturelle est la formation « Programme expert en génomique fongique et bioinformatique ».
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