Évolution et phylogénétique des champignons
L'histoire évolutive des champignons et les méthodes phylogénétiques utilisées pour reconstruire leurs relations à partir de séquences d'ADN.
Identification du programme
- 1.1Nom du programme
- Évolution et phylogénétique des champignons
- 1.2Type de formation
- Cours
- 1.3Organisme de formation / institution garante
- Fungaris – International Institute of Mycology, École de mycologie et des sciences fongiques. Programme propre à Fungaris, sans caution universitaire.
- 1.4Modalité
- En ligne, avec des séances en direct en petit groupe, des enregistrements et un campus virtuel.
- 1.5Durée (heures / crédits ECTS)
- 3 mois (12 semaines) · 72 heures au total · 6 modules de 12 heures · 12 séances en direct de 2 heures. Crédits ECTS : sans objet (programme propre à Fungaris, pas un titre universitaire officiel).
- 1.6Langue
- Français
- 1.7Dates de début et de fin / session
- Prochaine session : du 11 janvier 2027 au 2 avril 2027. Inscriptions ouvertes jusqu’au 4 janvier 2027. Session suivante : 8 mars 2027. Fonctionnement des sessions →
Présentation
2.1Description du programme
Évolution et phylogénétique des champignons associe l'histoire évolutive des champignons à une formation pratique aux méthodes qui permettent de la reconstruire. Vous passerez en revue les origines des champignons et leur registre fossile, rare mais révélateur, puis explorerez des transitions majeures comme la perte du flagelle, la conquête des terres émergées, l'essor des mycorhizes et les changements répétés de mode de vie. Le cœur pratique du cours couvre l'alignement de séquences, la construction de matrices de données, la sélection de modèles, le maximum de vraisemblance et l'inférence bayésienne, les approches multilocus et phylogénomiques, et la délimitation des espèces.
Les phylogénies fondent la classification moderne des champignons, l'écologie et la génomique comparative, et les chercheurs ont de plus en plus besoin de construire et d'évaluer eux-mêmes des arbres plutôt que de s'en remettre aux arbres publiés. Ce cours s'adresse aux doctorants et aux chercheurs qui veulent analyser leurs propres données de séquences avec assurance et interpréter les résultats en toute honnêteté. Les exercices utilisent des logiciels libres comme MAFFT, IQ-TREE et MrBayes. Pour le projet final, vous construirez et interpréterez une phylogénie d'un groupe de champignons de votre choix, en documentant chaque choix analytique et en discutant soutiens et conflits.
2.2Pourquoi il est utile / à quel besoin il répond
Il répond à un besoin concret : des connaissances appliquées et à jour en sciences fongiques, utiles dans des domaines comme recherche universitaire, musées et herbiers, informatique de la biodiversité, biotechnologies.
La mycologie évolue vite et les formations pratiques de qualité restent rares. Ce programme vous offre un parcours structuré, animé en direct par des professionnels en activité, pour appliquer ce que vous apprenez avec discernement et en sécurité.
Objectifs et compétences
3.1Objectif général
Terminer le programme en étant capable d'en appliquer les contenus avec un regard professionnel. En résumé :
L'histoire évolutive des champignons et les méthodes phylogénétiques utilisées pour reconstruire leurs relations à partir de séquences d'ADN.
3.2Objectifs spécifiques
- Poser les bases : Origines des champignons et registre fossile ; Grandes transitions évolutives chez les champignons.
- Les mettre en pratique : Alignement de séquences et matrices de données ; Maximum de vraisemblance et inférence bayésienne.
- Tout appliquer à un cas réel : Approches multilocus et phylogénomiques ; Délimitation des espèces et interprétation des arbres.
- Réaliser un projet final évalué par votre formateur.
3.3Compétences acquises
- Résumer les principaux événements de l'histoire évolutive des champignons.
- Assembler et aligner des jeux de séquences en vue d'une analyse phylogénétique.
- Réaliser des analyses en maximum de vraisemblance et bayésiennes avec des logiciels libres.
- Évaluer le soutien des branches et les conflits entre arbres de gènes.
- Appliquer des méthodes de délimitation des espèces et présenter les résultats de façon transparente.
Profil des participants
4.1À qui il s'adresse (profil d'entrée)
Doctorants, étudiants avancés et chercheurs.
4.2Conditions d'accès
Des connaissances préalables en biologie des champignons et en données moléculaires de base sont recommandées. Un ordinateur capable de faire tourner des logiciels de phylogénie gratuits est nécessaire.
4.3Débouchés professionnels (profil de sortie)
- Assistant de recherche en phylogénétique
- Technicien en bioinformatique appliquée à la systématique
- Doctorant en évolution des champignons
- Taxonomiste utilisant les méthodes moléculaires
- Analyste de données dans un institut de biodiversité
Les débouchés dépendent de votre expérience et du marché local.
Programme d'études
5.1Structure générale (modules et charge de travail)
| Module | Intitulé | Phase | Thèmes | Heures |
|---|---|---|---|---|
| 01 | Origines des champignons et registre fossile | Fondamentaux | 3 | 12 |
| 02 | Grandes transitions évolutives chez les champignons | Fondamentaux | 3 | 12 |
| 03 | Alignement de séquences et matrices de données | Pratique | 3 | 12 |
| 04 | Maximum de vraisemblance et inférence bayésienne | Pratique | 3 | 12 |
| 05 | Approches multilocus et phylogénomiques | Application et projet | 3 | 12 |
| 06 | Délimitation des espèces et interprétation des arbres | Application et projet | 3 | 12 |
| Total | 72 |
6 modules × 12 heures = 72 heures : 24 heures de séances en direct, le reste pour l'étude sur le campus, les exercices et le projet final.
5.2Contenus par module
Survolez ou touchez un module pour suivre le parcours, de la première séance au projet final. Ouvrez un module pour voir les thèmes abordés.
- Les champignons parmi les opisthocontes
- Horloges moléculaires et datation
- Fossiles fongiques clés
- De l'eau à la terre ferme
- Origines de la symbiose mycorhizienne
- Changements de mode de vie et convergences
- Choisir les locus et les taxons
- Algorithmes d'alignement et nettoyage
- Construire des matrices concaténées
- Modèles de substitution
- Maximum de vraisemblance et bootstrap
- Inférence bayésienne et convergence
- Conflits entre arbres de gènes et arbre des espèces
- Jeux de données phylogénomiques
- Méthodes fondées sur la coalescence
- Méthodes de délimitation des espèces
- Évaluer le soutien des branches
- Rédiger des résultats phylogénétiques
5.3Stage en entreprise
Ce programme ne comprend pas de stage en entreprise. La pratique est intégrée à chaque module à travers des exercices, des études de cas et le projet final.
5.4Projet final
Une analyse phylogénétique documentée d'un groupe de champignons choisi, avec interprétation des soutiens et des conflits.
Méthodologie
6.1Comment il est enseigné
- Séances en direct en ligne, en général hebdomadaires, avec un professionnel en activité et un petit groupe.
- Enregistrements de chaque séance, pour rattraper une séance si votre travail ou le décalage horaire vous empêche d'y assister.
- Exercices et études de cas réels dans chaque module.
- Tutorat : votre formateur répond à vos questions et commente vos exercices et votre projet.
6.2Plateforme et ressources
Un campus virtuel Moodle avec les enregistrements des séances, des lectures, des exercices et des forums pour chaque module. Il vous faut un ordinateur, un navigateur à jour et une connexion stable ; une webcam et un micro sont recommandés.
Configuration technique →6.3Temps de travail hebdomadaire estimé
Environ 6 heures par semaine pendant 12 semaines : une séance en direct de 2 heures en soirée en semaine, plus l'étude et les exercices sur le campus à votre rythme.
Évaluation
7.1Système d'évaluation et pondération
L'évaluation associe la participation aux séances en direct, des exercices d'analyse dans chaque module et un projet final relu par le professeur.
7.2Conditions de réussite
- Suivre tous les modules, en direct ou en regardant les enregistrements.
- Rendre les exercices des modules.
- Faire valider votre projet final par votre formateur.
Équipe pédagogique
8.1Direction pédagogique
Chez Fungaris, l'école « Sciences fongiques » coordonne les contenus et la qualité de ce programme. La personne qui dirige chaque session est indiquée dans le guide de la session.
8.2Formateurs
Le programme est animé par des professionnels en activité. Le formateur de chaque session est confirmé avant le début.
Découvrir nos formateurs →Certification
9.1Certificat délivré
Certificat de cours
À l’issue de la formation et de son projet, Fungaris délivre un Certificat de cours. Les certificats Fungaris sont propres à l’institut. Leur reconnaissance par un employeur, un établissement ou une administration dépend de chaque organisation et des règles locales de chaque pays.
9.2Organisme émetteur / reconnaissance
Délivré par Fungaris (exploité par Nexora Generation, S.L.) au format numérique. C'est un certificat propre à Fungaris : ce n'est pas un titre universitaire officiel et il ne donne pas de crédits ECTS.
À propos de nos certificats →Admission et inscription
10.1Procédure d'admission (étapes)
- Envoyez votre demande via le formulaire ou écrivez au service des admissions.
- Le service des admissions examine votre profil et confirme la date de début, l'horaire des séances et le tarif.
- Vous réservez votre place par un paiement complet ou un acompte de 40 %.
- Vous recevez votre accès au campus et le guide d'accueil avant la première séance.
10.2Documents à fournir
- Une pièce d'identité en cours de validité.
- Coordonnées et informations de facturation (personnelles ou de l'entreprise).
10.3Délais
Les inscriptions pour la session débutant le 11 janvier 2027 sont ouvertes jusqu’au 4 janvier 2027 ou jusqu'à ce que le groupe soit complet (20 participants maximum).
10.4Tarif et modalités de paiement
Tarif : CHF 390
- Paiement intégral avant le début : CHF 312 (réduction de 20 %).
- Acompte de 40 % (CHF 156) puis 3 mensualités de CHF 78.
10.5Aides, réductions et financements
Réductions : 10 % pour les anciens participants de Fungaris et 15 % pour les groupes de trois personnes ou plus d'une même organisation. Les réductions ne sont pas cumulables entre elles ni avec la réduction pour paiement intégral.
Votre employeur peut financer le programme et recevoir la facture au nom de l'entreprise. La prise en charge par un budget public ou d'entreprise dépend de votre pays : renseignez-vous auprès d'eux.
10.6Politique d'annulation
Les conditions d'annulation, de rétractation ou de report à une session ultérieure figurent dans notre politique d'annulation et dans votre confirmation d'inscription. Rien n'y limite les droits que vous accorde le droit de la consommation applicable.
Annulation et remboursement →Informations complémentaires
11.1Questions fréquentes
Faut-il de l’expérience pour suivre la formation « Évolution et phylogénétique des champignons » ?
Des connaissances préalables en biologie des champignons et en données moléculaires de base sont recommandées. Un ordinateur capable de faire tourner des logiciels de phylogénie gratuits est nécessaire.
Comment se déroule la formation « Évolution et phylogénétique des champignons » ?
En direct en ligne, en 6 modules, avec un professionnel en activité, un petit groupe et un projet final.
Comment suis-je évalué ?
L'évaluation associe la participation aux séances en direct, des exercices d'analyse dans chaque module et un projet final relu par le professeur.
En quoi consiste le projet final ?
Une analyse phylogénétique documentée d'un groupe de champignons choisi, avec interprétation des soutiens et des conflits.
Quel certificat vais-je obtenir ?
À l’issue de la formation et de son projet, Fungaris délivre un Certificat de cours. Les certificats Fungaris sont propres à l’institut. Leur reconnaissance par un employeur, un établissement ou une administration dépend de chaque organisation et des règles locales de chaque pays.
Que puis-je étudier après la formation « Évolution et phylogénétique des champignons » ?
L’étape suivante naturelle est la formation « Certificat de mycologie appliquée ».
11.2Témoignages d'anciens participants
Nous ne publions que des témoignages vérifiés de vrais participants. Ce programme n'en a pas encore ; ils apparaîtront ici à l'issue de ses premières sessions.
11.3Contact admissions
Écrivez à info@fungaris.institute ou utilisez le formulaire de contact. Le service des admissions vous répond dans votre langue.
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