Microscopie numérique et analyse automatisée des spores
Acquisition d'images calibrées, mesures et analyse assistée par machine des spores et des structures microscopiques pour la taxonomie et l'aérobiologie.
Un aperçu de ce que vous allez étudier et réaliser.
Microscopie numérique et analyse automatisée des spores vous apprend à photographier, mesurer et analyser les structures microscopiques des champignons de façon homogène et reproductible. Vous choisissez et calibrez des caméras de microscope, suivez des normes d'acquisition qui rendent les images exploitables par d'autres et mesurez les spores avec précision dans ImageJ/Fiji. Les modules suivants abordent la segmentation, le comptage automatisé et les modèles de deep learning qui classent les spores, avant de conclure sur les bonnes pratiques de partage et d'archivage des données d'images.
Les dimensions et l'ornementation des spores sont au cœur de la taxonomie fongique, tandis que le comptage des spores compte en aérobiologie et dans la surveillance des allergies. La mesure manuelle est lente et peu homogène, et les outils automatisés progressent rapidement. Ce cours s'adresse aux microscopistes, taxonomistes et aérobiologistes qui veulent des flux de travail numériques fiables. Pour le projet final, vous constituez un jeu d'images calibrées pour un groupe d'espèces ou un échantillon de piège à spores, mesurez ou comptez les spores avec une chaîne semi-automatisée et documentez la démarche pour que d'autres puissent la reproduire.
6 modules, un savoir qui grandit pas à pas.
Survolez ou touchez un module pour suivre le parcours, de la première séance au projet final. Ouvrez un module pour voir les thèmes abordés.
- Choisir une caméra de microscope
- Calibrer avec un micromètre objet
- Éclairage, contraste et balance des blancs
- Milieux de montage et colorants
- Empilement de mises au point et résolution
- Métadonnées à consigner pour chaque image
- Définir l'échelle dans Fiji
- Mesurer longueur, largeur et rapport Q
- Statistiques des mesures sporales
- Seuillage et segmentation
- Séparer les objets qui se touchent
- Compter les spores sur lames de pièges
- Constituer des jeux de spores étiquetés
- Entraîner un modèle de classification
- Évaluer et améliorer la précision
- Formats de fichiers et entrepôts d'images
- Conditions de réutilisation et attribution
- Relier les images aux spécimens
Microscopie numérique et analyse automatisée des spores
À l’issue de la formation, vous saurez :
- Calibrer des caméras de microscope et réaliser des images fongiques standardisées.
- Mesurer les spores avec précision et résumer statistiquement leurs dimensions dans Fiji.
- Segmenter et compter automatiquement les spores sur des images de lames.
- Entraîner et évaluer un classificateur de spores simple par deep learning.
- Archiver et partager des images de microscopie avec des métadonnées complètes.
La place de cette formation dans l’école.
Où cette formation peut vous mener.
Des métiers et des applications qui s’appuient sur ce que vous apprenez ici. Les débouchés dépendent de votre expérience et du marché local.
- Technicien en microscopie dans un herbier ou un laboratoire de recherche
- Taxonomiste utilisant des méthodes de mesure numériques
- Analyste en aérobiologie au sein d'un réseau de surveillance des pollens et des spores
- Spécialiste de l'analyse d'images en phytopathologie
- Microscopiste contrôle qualité en analyses alimentaires ou de l'air intérieur
Prérequis, évaluation et certificat.
Conditions d’admission
Une expérience de base de la microscopie optique est recommandée ; une caméra de microscope est utile, mais des images d'exemple sont fournies.
Modalités d’évaluation
La progression est évaluée à travers la participation aux sessions en direct, des exercices d'analyse d'images dans chaque module et un projet final évalué par le professeur.
Projet final
Un jeu d'images calibré et documenté avec des mesures ou des comptages de spores semi-automatisés pour un groupe choisi ou un échantillon de piège.
Certificat
Certificat de cours
À l’issue de la formation et de son projet, Fungaris délivre un Certificat de cours. La reconnaissance des formations est évaluée en fonction du parcours suivi et de la réglementation locale de chaque pays.
Comment la formation progresse, phase par phase.
- Caméras de microscope et calibrage
- Normes d'acquisition d'images pour les champignons
- Mesurer les spores avec ImageJ/Fiji
- Segmentation et comptage automatisé
- Deep learning pour la classification des spores
- Partager et archiver les données d'images
Recherches associées
Questions sur cette formation
Faut-il de l’expérience pour suivre la formation « Microscopie numérique et analyse automatisée des spores » ?
Une expérience de base de la microscopie optique est recommandée ; une caméra de microscope est utile, mais des images d'exemple sont fournies.
Comment se déroule la formation « Microscopie numérique et analyse automatisée des spores » ?
En direct en ligne, en 6 modules, avec un professionnel en activité, un petit groupe et un projet final.
Comment suis-je évalué ?
La progression est évaluée à travers la participation aux sessions en direct, des exercices d'analyse d'images dans chaque module et un projet final évalué par le professeur.
En quoi consiste le projet final ?
Un jeu d'images calibré et documenté avec des mesures ou des comptages de spores semi-automatisés pour un groupe choisi ou un échantillon de piège.
Quel certificat vais-je obtenir ?
À l’issue de la formation et de son projet, Fungaris délivre un Certificat de cours. La reconnaissance des formations est évaluée en fonction du parcours suivi et de la réglementation locale de chaque pays.
Que puis-je étudier après la formation « Microscopie numérique et analyse automatisée des spores » ?
L’étape suivante naturelle est la formation « Certificat en bioinformatique fongique ».
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