Taxons obscurs : découvrir les champignons non décrits
La plupart des espèces fongiques restent sans nom ; ce cours explore comment des lignées connues seulement par leurs séquences sont détectées, caractérisées et pourraient être reconnues officiellement.
Identification du programme
- 1.1Nom du programme
- Taxons obscurs : découvrir les champignons non décrits
- 1.2Type de formation
- Cours
- 1.3Organisme de formation / institution garante
- Fungaris – International Institute of Mycology, École de mycologie et des sciences fongiques. Programme propre à Fungaris, sans caution universitaire.
- 1.4Modalité
- En ligne, avec des séances en direct en petit groupe, des enregistrements et un campus virtuel.
- 1.5Durée (heures / crédits ECTS)
- 3 mois (12 semaines) · 72 heures au total · 6 modules de 12 heures · 12 séances en direct de 2 heures. Crédits ECTS : sans objet (programme propre à Fungaris, pas un titre universitaire officiel).
- 1.6Langue
- Français
- 1.7Dates de début et de fin / session
- Prochaine session : du 11 janvier 2027 au 2 avril 2027. Inscriptions ouvertes jusqu’au 4 janvier 2027. Session suivante : 8 mars 2027. Fonctionnement des sessions →
Présentation
2.1Description du programme
Taxons obscurs : découvrir les champignons non décrits aborde l'une des plus grandes lacunes de la biologie : la plupart des espèces de champignons n'ont jamais été nommées. Vous examinerez les estimations de la diversité non décrite et les raisons de leurs très grands écarts, puis verrez comment le séquençage environnemental révèle des lignées connues uniquement par leur ADN. Le cours traite des espèces cryptiques et de la taxonomie intégrative, des nouvelles stratégies pour cultiver des organismes longtemps jugés incultivables, et des méthodes unicellulaires et en lectures longues qui permettent de reconstituer les génomes de champignons rares ou non cultivés. Un dernier module présente le débat en cours sur l'opportunité et la manière de nommer des champignons à partir des seules données de séquences.
Décrire la diversité fongique compte pour la conservation, l'écologie et la bioprospection, et le domaine évolue rapidement à mesure que les méthodes et les règles changent. Ce cours s'adresse aux taxonomistes, aux chercheurs et aux étudiants avancés qui veulent travailler à cette frontière en saisissant clairement les opportunités comme les controverses. Les séances en direct examinent des publications récentes. Pour le projet final, vous étudierez une lignée obscure présente dans les bases de séquences publiques, rassemblerez les données disponibles sur son écologie et ses parentés, et proposerez une stratégie pour la caractériser.
2.2Pourquoi il est utile / à quel besoin il répond
Il répond à un besoin concret : des connaissances appliquées et à jour en sciences fongiques, utiles dans des domaines comme recherche universitaire, musées et collections de cultures, informatique de la biodiversité, bioprospection et biotechnologies.
La mycologie évolue vite et les formations pratiques de qualité restent rares. Ce programme vous offre un parcours structuré, animé en direct par des professionnels en activité, pour appliquer ce que vous apprenez avec discernement et en sécurité.
Objectifs et compétences
3.1Objectif général
Terminer le programme en étant capable d'en appliquer les contenus avec un regard professionnel. En résumé :
La plupart des espèces fongiques restent sans nom ; ce cours explore comment des lignées connues seulement par leurs séquences sont détectées, caractérisées et pourraient être reconnues officiellement.
3.2Objectifs spécifiques
- Poser les bases : L'ampleur de la diversité fongique non décrite ; Les taxons obscurs dans les données de séquences environnementales.
- Les mettre en pratique : Espèces cryptiques et taxonomie intégrative ; Cultiver l'incultivable : nouvelles stratégies d'isolement.
- Tout appliquer à un cas réel : Approches unicellulaires et lectures longues ; Débats sur la dénomination des champignons à partir de l'ADN seul.
- Réaliser un projet final évalué par votre formateur.
3.3Compétences acquises
- Expliquer comment la diversité fongique non décrite est estimée et pourquoi les estimations varient.
- Détecter des lignées nouvelles dans des jeux de séquences environnementales.
- Appliquer la taxonomie intégrative pour séparer des espèces cryptiques.
- Évaluer les stratégies de culture, unicellulaires et en lectures longues appliquées aux champignons inconnus.
- Résumer les débats actuels sur la dénomination des champignons à partir de l'ADN seul.
Profil des participants
4.1À qui il s'adresse (profil d'entrée)
Taxonomistes, chercheurs et étudiants avancés.
4.2Conditions d'accès
Des connaissances préalables en taxonomie fongique et en méthodes moléculaires, par exemple acquises dans un cours connexe, sont recommandées. Un ordinateur avec accès à internet est nécessaire.
4.3Débouchés professionnels (profil de sortie)
- Taxonomiste travaillant sur la diversité fongique
- Assistant de recherche en systématique moléculaire
- Analyste de données de biodiversité
- Doctorant en découverte des champignons
- Scientifique de collection dans une collection de cultures
Les débouchés dépendent de votre expérience et du marché local.
Programme d'études
5.1Structure générale (modules et charge de travail)
| Module | Intitulé | Phase | Thèmes | Heures |
|---|---|---|---|---|
| 01 | L'ampleur de la diversité fongique non décrite | Fondamentaux | 3 | 12 |
| 02 | Les taxons obscurs dans les données de séquences environnementales | Fondamentaux | 3 | 12 |
| 03 | Espèces cryptiques et taxonomie intégrative | Pratique | 3 | 12 |
| 04 | Cultiver l'incultivable : nouvelles stratégies d'isolement | Pratique | 3 | 12 |
| 05 | Approches unicellulaires et lectures longues | Application et projet | 3 | 12 |
| 06 | Débats sur la dénomination des champignons à partir de l'ADN seul | Application et projet | 3 | 12 |
| Total | 72 |
6 modules × 12 heures = 72 heures : 24 heures de séances en direct, le reste pour l'étude sur le campus, les exercices et le projet final.
5.2Contenus par module
Survolez ou touchez un module pour suivre le parcours, de la première séance au projet final. Ouvrez un module pour voir les thèmes abordés.
- Estimer la diversité fongique mondiale
- Pourquoi tant de champignons n'ont pas de nom
- Le déficit taxonomique
- Les séquences environnementales dans les bases de données
- Reconnaître des lignées nouvelles
- Études de cas de clades obscurs
- Complexes d'espèces cryptiques
- Associer morphologie, écologie et ADN
- Descriptions d'espèces intégratives
- Culture à haut débit
- Co-culture et piégeage
- Reproduire les conditions naturelles
- Génomique unicellulaire
- Codes-barres en lectures longues et métagénomes
- Génomes issus d'échantillons environnementaux
- Arguments en faveur des noms fondés sur les séquences
- Arguments contre
- Propositions et pratiques actuelles
5.3Stage en entreprise
Ce programme ne comprend pas de stage en entreprise. La pratique est intégrée à chaque module à travers des exercices, des études de cas et le projet final.
5.4Projet final
Un dossier de données et une stratégie de caractérisation pour une lignée fongique obscure trouvée dans les bases de séquences publiques.
Méthodologie
6.1Comment il est enseigné
- Séances en direct en ligne, en général hebdomadaires, avec un professionnel en activité et un petit groupe.
- Enregistrements de chaque séance, pour rattraper une séance si votre travail ou le décalage horaire vous empêche d'y assister.
- Exercices et études de cas réels dans chaque module.
- Tutorat : votre formateur répond à vos questions et commente vos exercices et votre projet.
6.2Plateforme et ressources
Un campus virtuel Moodle avec les enregistrements des séances, des lectures, des exercices et des forums pour chaque module. Il vous faut un ordinateur, un navigateur à jour et une connexion stable ; une webcam et un micro sont recommandés.
Configuration technique →6.3Temps de travail hebdomadaire estimé
Environ 6 heures par semaine pendant 12 semaines : une séance en direct de 2 heures en soirée en semaine, plus l'étude et les exercices sur le campus à votre rythme.
Évaluation
7.1Système d'évaluation et pondération
L'évaluation associe la participation aux séances en direct, des exercices bibliographiques et sur bases de données dans chaque module, et un projet final relu par le professeur.
7.2Conditions de réussite
- Suivre tous les modules, en direct ou en regardant les enregistrements.
- Rendre les exercices des modules.
- Faire valider votre projet final par votre formateur.
Équipe pédagogique
8.1Direction pédagogique
Chez Fungaris, l'école « Sciences fongiques » coordonne les contenus et la qualité de ce programme. La personne qui dirige chaque session est indiquée dans le guide de la session.
8.2Formateurs
Le programme est animé par des professionnels en activité. Le formateur de chaque session est confirmé avant le début.
Découvrir nos formateurs →Certification
9.1Certificat délivré
Certificat de cours
À l’issue de la formation et de son projet, Fungaris délivre un Certificat de cours. Les certificats Fungaris sont propres à l’institut. Leur reconnaissance par un employeur, un établissement ou une administration dépend de chaque organisation et des règles locales de chaque pays.
9.2Organisme émetteur / reconnaissance
Délivré par Fungaris (exploité par Nexora Generation, S.L.) au format numérique. C'est un certificat propre à Fungaris : ce n'est pas un titre universitaire officiel et il ne donne pas de crédits ECTS.
À propos de nos certificats →Admission et inscription
10.1Procédure d'admission (étapes)
- Envoyez votre demande via le formulaire ou écrivez au service des admissions.
- Le service des admissions examine votre profil et confirme la date de début, l'horaire des séances et le tarif.
- Vous réservez votre place par un paiement complet ou un acompte de 40 %.
- Vous recevez votre accès au campus et le guide d'accueil avant la première séance.
10.2Documents à fournir
- Une pièce d'identité en cours de validité.
- Coordonnées et informations de facturation (personnelles ou de l'entreprise).
10.3Délais
Les inscriptions pour la session débutant le 11 janvier 2027 sont ouvertes jusqu'au 4 janvier 2027 ou jusqu'à ce que le groupe soit complet (20 participants maximum).
10.4Tarif et modalités de paiement
Tarif : CHF 390
- Paiement intégral avant le début : CHF 312 (réduction de 20 %).
- Acompte de 40 % (CHF 156) puis 3 mensualités de CHF 78.
10.5Aides, réductions et financements
Réductions : 10 % pour les anciens participants de Fungaris et 15 % pour les groupes de trois personnes ou plus d'une même organisation. Les réductions ne sont pas cumulables entre elles ni avec la réduction pour paiement intégral.
Votre employeur peut financer le programme et recevoir la facture au nom de l'entreprise. La prise en charge par un budget public ou d'entreprise dépend de votre pays : renseignez-vous auprès d'eux.
10.6Politique d'annulation
Les conditions d'annulation, de rétractation ou de report à une session ultérieure figurent dans notre politique d'annulation et dans votre confirmation d'inscription. Rien n'y limite les droits que vous accorde le droit de la consommation applicable.
Annulation et remboursement →Informations complémentaires
11.1Questions fréquentes
Faut-il de l’expérience pour suivre la formation « Taxons obscurs : découvrir les champignons non décrits » ?
Des connaissances préalables en taxonomie fongique et en méthodes moléculaires, par exemple acquises dans un cours connexe, sont recommandées. Un ordinateur avec accès à internet est nécessaire.
Comment se déroule la formation « Taxons obscurs : découvrir les champignons non décrits » ?
En direct en ligne, en 6 modules, avec un professionnel en activité, un petit groupe et un projet final.
Comment suis-je évalué ?
L'évaluation associe la participation aux séances en direct, des exercices bibliographiques et sur bases de données dans chaque module, et un projet final relu par le professeur.
En quoi consiste le projet final ?
Un dossier de données et une stratégie de caractérisation pour une lignée fongique obscure trouvée dans les bases de séquences publiques.
Quel certificat vais-je obtenir ?
À l’issue de la formation et de son projet, Fungaris délivre un Certificat de cours. Les certificats Fungaris sont propres à l’institut. Leur reconnaissance par un employeur, un établissement ou une administration dépend de chaque organisation et des règles locales de chaque pays.
Que puis-je étudier après la formation « Taxons obscurs : découvrir les champignons non décrits » ?
L’étape suivante naturelle est la formation « Certificat de mycologie appliquée ».
11.2Témoignages d'anciens participants
Nous ne publions que des témoignages vérifiés de vrais participants. Ce programme n'en a pas encore ; ils apparaîtront ici à l'issue de ses premières sessions.
11.3Contact admissions
Écrivez à info@fungaris.institute ou utilisez le formulaire de contact. Le service des admissions vous répond dans votre langue.
À lire avant de commencer.
Sciences fongiquesMicroscopie des champignons pour débutants : matérielUn microscope ouvre un monde caché de spores, de basides et de cystides. Voici le matériel nécessaire, les techniques de base et les règles de sécurité pour les réactifs.Lire l’article 
Sciences fongiquesDevenir mycologue : parcours, compétences et métiersLes champignons sortent de la niche pour gagner l'alimentation, les matériaux, la médecine et la conservation. Voici comment on construit réellement une carrière à leurs côtés.Lire l’article Continuez à vous ramifier.
Rejoignez la prochaine promotion.
Payez en une fois avec une réduction de 20%, ou réservez votre place avec 40% et réglez le solde en mensualités. Tous les prix sont indiqués en francs suisses (CHF).