Assemblierung und Annotation von Pilzgenomen
Praktischer Workflow von rohen Long und Short Reads bis zum polierten, annotierten und publikationsreifen Pilzgenom.
Programmübersicht
- 1.1Name des Programms
- Assemblierung und Annotation von Pilzgenomen
- 1.2Art des Abschlusses
- Kurs
- 1.3Anbieter / tragende Institution
- Fungaris – International Institute of Mycology, Schule für Digitale Mykologie: KI, Genomik und Daten. Ein eigenes Programm von Fungaris, nicht von einer Hochschule getragen.
- 1.4Studienform
- Online, mit Live-Sitzungen in kleiner Gruppe, Aufzeichnungen und virtuellem Campus.
- 1.5Dauer (Stunden / ECTS-Punkte)
- 3 Monate (12 Wochen) · 72 Stunden insgesamt · 6 Module à 12 Stunden · 12 Live-Sitzungen à 2 Stunden. ECTS-Punkte: entfällt (eigenes Programm von Fungaris, kein staatlich anerkannter Hochschulabschluss).
- 1.6Sprache
- Deutsch
- 1.7Beginn und Ende / Durchführung
- Nächste Durchführung: 11. Januar 2027 bis 2. April 2027. Anmeldeschluss: 4. Januar 2027. Darauf folgende Durchführung: 8. März 2027. So funktionieren die Durchführungen →
Vorstellung
2.1Beschreibung des Programms
Dieser praxisorientierte Kurs führt dich von rohen Sequenzierreads zu einem polierten, annotierten Pilzgenom, das zur Einreichung bereit ist. Du arbeitest auf der Linux-Kommandozeile und in einer HPC-Umgebung, prüfst die Read-Qualität, assemblierst Long-Read- und Hybrid-Datensätze und polierst, scaffoldest und bewertest die Vollständigkeit anschliessend mit BUSCO. Die zweite Hälfte behandelt Genvorhersage, funktionelle Annotation sowie die spezielle Annotation von Repeats, Biosynthese-Genclustern und Effektoren.
Dank bezahlbarer Long-Read-Sequenzierung können heute auch viele kleinere Labore eigene Pilzgenome erzeugen, doch schlecht assemblierte oder annotierte Genome gelangen weiterhin in öffentliche Datenbanken und führen spätere Studien in die Irre. Der Kurs richtet sich an Bioinformatiker und Genomforscher, die bereits mit der Kommandozeile arbeiten und einen strengen, gut dokumentierten Workflow speziell für Pilzgenome suchen. Im Abschlussprojekt assemblierst und annotierst du ein reales Pilzgenom aus bereitgestellten Reads, berichtest Qualitätskennzahlen transparent und bereitest es so auf, als würdest du es in einem öffentlichen Repositorium hinterlegen.
2.2Warum es relevant ist / welchen Bedarf es deckt
Es deckt einen praktischen Bedarf: angewandtes, aktuelles Wissen im Bereich Digitale Mykologie, nützlich in Feldern wie Akademische Genomik, Industrielle Biotechnologie, Pflanzengesundheit und Landwirtschaft, Sequenzierdienstleistungen.
Die Mykologie entwickelt sich schnell, gute praxisnahe Weiterbildung ist aber noch selten. Dieses Programm bietet dir einen strukturierten Weg, live vermittelt von Fachleuten aus der Praxis, damit du das Gelernte sicher und überlegt anwendest.
Ziele und Kompetenzen
3.1Übergeordnetes Ziel
Dass du das Programm abschliesst und seine Inhalte fachlich fundiert anwenden kannst. Kurz gesagt:
Praktischer Workflow von rohen Long und Short Reads bis zum polierten, annotierten und publikationsreifen Pilzgenom.
3.2Spezifische Ziele
- Die Grundlagen aufbauen: Linux und HPC für die Genomik; Qualitätskontrolle von Reads.
- Sie in die Praxis umsetzen: Long-Read- und Hybrid-Assemblierung; Polishing, Scaffolding und Vollständigkeit mit BUSCO.
- Alles an einem echten Fall anwenden: Genvorhersage und funktionelle Annotation; Annotation von Repeats, BGCs und Effektoren.
- Ein Abschlussprojekt abschliessen, das deine Lehrperson begutachtet.
3.3Kompetenzen, die du erwirbst
- Genomik-Werkzeuge effizient unter Linux und auf HPC-Clustern ausführen.
- Read-Qualität bewerten und die Genomgrösse anhand von k-meren schätzen.
- Pilzgenome aus Long und Short Reads assemblieren, polieren und scaffolden.
- Gene mithilfe externer Evidenz vorhersagen und funktionell annotieren.
- Repeats, Biosynthese-Gencluster und mögliche Effektoren annotieren.
Teilnehmerprofil
4.1Für wen (Eingangsprofil)
Bioinformatiker und Genomforschende.
4.2Zugangsvoraussetzungen
Praktische Kenntnisse der Linux-Kommandozeile und genomische Grundbegriffe werden erwartet; für die Arbeit auf einem entfernten Cluster genügt ein Computer mit Internetzugang.
4.3Berufliche Perspektiven (Abschlussprofil)
- Bioinformatiker in einem Pilzgenomik-Labor
- Genomanalyst bei einem Sequenzierdienstleister
- Computational Scientist in der Pilzbiotechnologie
- Wissenschaftlicher Mitarbeiter in der Phytopathogen-Genomik
- Fachkraft in einer Bioinformatik-Core-Facility
Was davon realistisch ist, hängt von deiner Erfahrung und dem lokalen Markt ab.
Lehrplan
5.1Aufbau (Module und Arbeitsaufwand)
| Modul | Titel | Phase | Themen | Stunden |
|---|---|---|---|---|
| 01 | Linux und HPC für die Genomik | Grundlagen | 3 | 12 |
| 02 | Qualitätskontrolle von Reads | Grundlagen | 3 | 12 |
| 03 | Long-Read- und Hybrid-Assemblierung | Praxis | 3 | 12 |
| 04 | Polishing, Scaffolding und Vollständigkeit mit BUSCO | Praxis | 3 | 12 |
| 05 | Genvorhersage und funktionelle Annotation | Anwendung & Projekt | 3 | 12 |
| 06 | Annotation von Repeats, BGCs und Effektoren | Anwendung & Projekt | 3 | 12 |
| Total | 72 |
6 Module × 12 Stunden = 72 Stunden: 24 Stunden Live-Sitzungen, der Rest für Selbststudium auf dem Campus, Übungen und das Abschlussprojekt.
5.2Inhalte nach Modul
Fahre über ein Modul oder tippe es an, um den Weg von der ersten Sitzung bis zum Abschlussprojekt zu verfolgen. Öffne ein Modul, um seine Themen zu sehen.
- Shell-Grundlagen für die Genomik
- Job-Scheduler und HPC-Ressourcen
- Software mit conda und Containern verwalten
- Read-Formate und Qualitätskennzahlen
- Reads trimmen und filtern
- Genomgrösse mit k-meren schätzen
- Long-Read-Assembler im Vergleich
- Strategien der Hybrid-Assemblierung
- Kontiguität bewerten
- Polishing mit Short und Long Reads
- Scaffolding und Lückenschluss
- Vollständigkeit mit BUSCO bewerten
- Evidenzbasierte Genvorhersage
- Genmodelle mit RNA-seq verbessern
- Funktionelle Annotation mit InterPro und eggNOG
- Repeats erkennen und maskieren
- BGCs mit antiSMASH finden
- Sekretierte Effektoren vorhersagen
5.3Praktikum im Unternehmen
Dieses Programm umfasst kein Praktikum im Unternehmen. Die Praxis ist über Übungen, Fallstudien und das Abschlussprojekt in jedes Modul eingebaut.
5.4Abschlussprojekt
Ein aus bereitgestellten Reads assembliertes und annotiertes Pilzgenom mit transparentem Qualitäts- und Methodenbericht.
Methodik
6.1So wird unterrichtet
- Live-Sitzungen online, meist wöchentlich, mit einer Fachperson aus der Praxis und einer kleinen Gruppe.
- Aufzeichnungen jeder Sitzung, damit du bei Arbeit oder Zeitverschiebung aufholen kannst.
- Übungen und echte Fallstudien in jedem Modul.
- Betreuung: deine Lehrperson beantwortet Fragen und gibt Feedback zu Übungen und Projekt.
6.2Plattform und Ressourcen
Ein virtueller Moodle-Campus mit Aufzeichnungen, Lektüren, Übungen und Foren zu jedem Modul. Du brauchst einen Computer, einen aktuellen Browser und eine stabile Verbindung; Kamera und Mikrofon werden empfohlen.
Technische Voraussetzungen →6.3Geschätzter Wochenaufwand
Etwa 6 Stunden pro Woche über 12 Wochen: eine zweistündige Live-Sitzung an einem Wochentagabend, dazu Selbststudium und Übungen auf dem Campus in deinem Tempo.
Bewertung
7.1Bewertungssystem und Gewichtung
Der Lernfortschritt wird über die Teilnahme an den Live-Sitzungen, Pipeline-Übungen in jedem Modul und ein vom Dozenten begutachtetes Abschlussprojekt bewertet.
7.2Voraussetzungen für den Abschluss
- Alle Module abschliessen, durch Teilnahme an den Live-Sitzungen oder über die Aufzeichnungen.
- Die Modulübungen einreichen.
- Dein Abschlussprojekt von deiner Lehrperson freigeben lassen.
Lehrteam
8.1Akademische Leitung
Die Schule Digitale Mykologie von Fungaris verantwortet Inhalte und Qualität dieses Programms. Die akademische Leitung jeder Durchführung wird im Leitfaden genannt.
8.2Lehrende
Es unterrichten Fachleute, die in diesem Feld arbeiten. Die Lehrperson jeder Durchführung wird vor dem Start bestätigt.
Unsere Lehrenden →Zertifikat
9.1Erworbenes Zertifikat
Kurszertifikat
Nach Abschluss des Kurses und seines Projekts stellt Fungaris ein Kurszertifikat aus. Die Zertifikate von Fungaris sind eigene Zertifikate des Instituts. Ob Arbeitgeber, Schulen oder Behörden sie anerkennen, hängt von der jeweiligen Stelle und den Regeln im jeweiligen Land ab.
9.2Ausstellende Stelle / Anerkennung
Ausgestellt von Fungaris (betrieben von Nexora Generation, S.L.) als digitales Zertifikat. Es ist ein eigenes Zertifikat von Fungaris, kein staatlich anerkannter Hochschulabschluss, und es vergibt keine ECTS-Punkte.
Über unsere Zertifikate →Zulassung und Anmeldung
10.1Zulassungsverfahren (Schritte)
- Sende deine Anfrage über das Formular oder schreib der Zulassung.
- Die Zulassung prüft dein Profil und bestätigt Startdatum, Sitzungszeiten und Gebühr.
- Du sicherst deinen Platz mit vollständiger Zahlung oder einer Reservierung von 40%.
- Vor der ersten Sitzung erhältst du deinen Campus-Zugang und den Willkommensleitfaden.
10.2Erforderliche Unterlagen
- Ein gültiges Ausweisdokument.
- Kontakt- und Rechnungsdaten (privat oder Firma).
10.3Fristen
Die Anmeldung für die Durchführung ab 11. Januar 2027 ist bis 4. Januar 2027 offen oder bis die Gruppe voll ist (höchstens 20 Teilnehmende).
10.4Gebühr und Zahlungsarten
Gebühr: CHF 390
- Vollständige Zahlung vor Beginn: CHF 312 (20% Ermässigung).
- 40% Reservierung (CHF 156) und 3 Monatsraten à CHF 78.
10.5Förderung, Rabatte und Finanzierung
Rabatte: 10% für ehemalige Teilnehmende von Fungaris und 15% für Gruppen ab drei Personen derselben Organisation. Rabatte sind nicht miteinander oder mit der Ermässigung bei Vollzahlung kombinierbar.
Dein Arbeitgeber kann das Programm bezahlen und erhält die Rechnung auf den Firmennamen. Ob ein öffentliches oder betriebliches Weiterbildungsbudget die Gebühr abdeckt, hängt von deinem Land ab; frag dort nach.
10.6Stornierungsbedingungen
Die Bedingungen für Stornierung, Widerruf oder Wechsel in eine spätere Durchführung findest du in unseren Stornierungsbedingungen und in deiner Anmeldebestätigung. Deine Rechte nach dem geltenden Verbraucherrecht bleiben davon unberührt.
Stornierung und Rückerstattung →Weitere Informationen
11.1Häufige Fragen
Brauche ich Vorkenntnisse für „Assemblierung und Annotation von Pilzgenomen“?
Praktische Kenntnisse der Linux-Kommandozeile und genomische Grundbegriffe werden erwartet; für die Arbeit auf einem entfernten Cluster genügt ein Computer mit Internetzugang.
Wie wird „Assemblierung und Annotation von Pilzgenomen“ unterrichtet?
Live online, in 6 Modulen, mit einer Fachperson aus der Praxis, einer kleinen Gruppe und einem Abschlussprojekt.
Wie werde ich bewertet?
Der Lernfortschritt wird über die Teilnahme an den Live-Sitzungen, Pipeline-Übungen in jedem Modul und ein vom Dozenten begutachtetes Abschlussprojekt bewertet.
Wie sieht das Abschlussprojekt aus?
Ein aus bereitgestellten Reads assembliertes und annotiertes Pilzgenom mit transparentem Qualitäts- und Methodenbericht.
Welches Zertifikat erhalte ich?
Nach Abschluss des Kurses und seines Projekts stellt Fungaris ein Kurszertifikat aus. Die Zertifikate von Fungaris sind eigene Zertifikate des Instituts. Ob Arbeitgeber, Schulen oder Behörden sie anerkennen, hängt von der jeweiligen Stelle und den Regeln im jeweiligen Land ab.
Was kann ich nach „Assemblierung und Annotation von Pilzgenomen“ lernen?
Der naheliegende nächste Schritt ist „Zertifikatslehrgang Pilz-Bioinformatik“.
11.2Stimmen von Absolventen
Wir veröffentlichen nur geprüfte Stimmen echter Teilnehmender. Für dieses Programm gibt es noch keine; sie erscheinen hier, sobald die ersten Durchführungen abgeschlossen sind.
11.3Kontakt zur Zulassung
Schreib an info@fungaris.institute oder nutze das Kontaktformular. Die Zulassung antwortet in deiner Sprache.
Verzweige dich weiter.
Sei beim nächsten Starttermin dabei.
Zahle den Gesamtbetrag mit 20 % Ermässigung oder sichere dir deinen Platz mit 40 % Anzahlung und zahle den Rest in Monatsraten. Alle Preise werden in Schweizer Franken (CHF) angegeben.