Certificat de génomique et bioinformatique des champignons
Une formation pratique en bioinformatique pour produire, analyser et interpréter des données de séquençage génomique, transcriptomique et de communautés fongiques.
Identification du programme
- 1.1Nom du programme
- Certificat de génomique et bioinformatique des champignons
- 1.2Type de formation
- Certificat
- 1.3Organisme de formation / institution garante
- Fungaris – International Institute of Mycology, École de mycologie et des sciences fongiques. Programme propre à Fungaris, sans caution universitaire.
- 1.4Modalité
- En ligne, avec des séances en direct en petit groupe, des enregistrements et un campus virtuel.
- 1.5Durée (heures / crédits ECTS)
- 6 mois (24 semaines) · 192 heures au total · 8 modules de 24 heures · 24 séances en direct de 2 heures. Crédits ECTS : sans objet (programme propre à Fungaris, pas un titre universitaire officiel).
- 1.6Langue
- Français
- 1.7Dates de début et de fin / session
- Prochaine session : du 11 janvier 2027 au 25 juin 2027. Inscriptions ouvertes jusqu’au 4 janvier 2027. Session suivante : 12 avril 2027. Fonctionnement des sessions →
Présentation
2.1Description du programme
Le Certificat de génomique et bioinformatique des champignons est une formation pratique en bioinformatique destinée aux biologistes qui veulent produire et analyser en autonomie des données de séquençage fongiques. Vous acquerrez des compétences opérationnelles en Linux, Python et R, puis découvrirez les technologies de séquençage et le contrôle qualité des données. Le programme vous guide à travers l'assemblage et l'annotation de génomes, la génomique comparative et des populations, et la transcriptomique pour l'étude de l'expression génique. Des modules spécialisés couvrent la recherche de clusters de gènes de métabolites secondaires dans les génomes et les chaînes de traitement pour le métabarcoding et la métagénomique, avant de conclure sur les flux de travail reproductibles et le partage des données.
Le séquençage est désormais bon marché et courant : dans la plupart des projets de recherche et industriels sur les champignons, le goulot d'étranglement est l'analyse. Ce certificat s'adresse aux biologistes et aux scientifiques de laboratoire qui développent leurs compétences en données et veulent devenir réellement opérationnels en bioinformatique plutôt que de simplement suivre des tutoriels. Chaque module utilise des jeux de données fongiques réels et des outils libres, avec l'accompagnement en direct de bioinformaticiens en activité. Dans le projet final, vous concevrez et exécuterez un flux d'analyse complet et reproductible sur le jeu de données fongiques de votre choix, des données brutes aux résultats interprétés, partagé dans un dépôt documenté.
2.2Pourquoi il est utile / à quel besoin il répond
Il répond à un besoin concret : des connaissances appliquées et à jour en sciences fongiques, utiles dans des domaines comme instituts de recherche et universités, biotechnologies et industrie pharmaceutique, génomique agricole, services de séquençage et de données.
La mycologie évolue vite et les formations pratiques de qualité restent rares. Ce programme vous offre un parcours structuré, animé en direct par des professionnels en activité, pour appliquer ce que vous apprenez avec discernement et en sécurité.
Objectifs et compétences
3.1Objectif général
Terminer le programme en étant capable d'en appliquer les contenus avec un regard professionnel. En résumé :
Une formation pratique en bioinformatique pour produire, analyser et interpréter des données de séquençage génomique, transcriptomique et de communautés fongiques.
3.2Objectifs spécifiques
- Poser les bases : Linux, Python et R pour biologistes ; Technologies de séquençage et qualité des données ; Assemblage et annotation de génomes.
- Les mettre en pratique : Génomique comparative et des populations ; Transcriptomique et expression génique ; Recherche de clusters de gènes de métabolites secondaires.
- Tout appliquer à un cas réel : Chaînes de traitement en métabarcoding et métagénomique ; Flux de travail reproductibles et partage des données.
- Réaliser un projet final évalué par votre formateur.
3.3Compétences acquises
- Travailler avec aisance sous Linux, Python et R sur des données biologiques.
- Assembler, évaluer et annoter des génomes fongiques.
- Réaliser des analyses comparatives, de génomique des populations et de transcriptomique.
- Rechercher des clusters de biosynthèse dans les génomes et traiter des données métagénomiques.
- Construire des flux d'analyse reproductibles et partageables selon les principes FAIR.
Profil des participants
4.1À qui il s'adresse (profil d'entrée)
Biologistes et scientifiques de laboratoire qui développent leurs compétences en données.
4.2Conditions d'accès
Une formation en biologie et une maîtrise de base de l'informatique sont attendues ; une expérience préalable en programmation est utile mais pas obligatoire. Un ordinateur avec accès à internet est nécessaire.
4.3Débouchés professionnels (profil de sortie)
- Bioinformaticien dans une équipe de recherche en mycologie
- Biologiste computationnel dans les biotechnologies
- Analyste de données génomiques en agriculture
- Appui bioinformatique dans une plateforme de séquençage
- Développeur de logiciels de recherche pour la biologie
- Gestionnaire de données pour des projets omiques
Les débouchés dépendent de votre expérience et du marché local.
Programme d'études
5.1Structure générale (modules et charge de travail)
| Module | Intitulé | Phase | Thèmes | Heures |
|---|---|---|---|---|
| 01 | Linux, Python et R pour biologistes | Fondamentaux | 3 | 24 |
| 02 | Technologies de séquençage et qualité des données | Fondamentaux | 3 | 24 |
| 03 | Assemblage et annotation de génomes | Fondamentaux | 3 | 24 |
| 04 | Génomique comparative et des populations | Pratique | 3 | 24 |
| 05 | Transcriptomique et expression génique | Pratique | 3 | 24 |
| 06 | Recherche de clusters de gènes de métabolites secondaires | Pratique | 3 | 24 |
| 07 | Chaînes de traitement en métabarcoding et métagénomique | Application et projet | 3 | 24 |
| 08 | Flux de travail reproductibles et partage des données | Application et projet | 3 | 24 |
| Total | 192 |
8 modules × 24 heures = 192 heures : 48 heures de séances en direct, le reste pour l'étude sur le campus, les exercices et le projet final.
5.2Contenus par module
Survolez ou touchez un module pour suivre le parcours, de la première séance au projet final. Ouvrez un module pour voir les thèmes abordés.
- L'essentiel de la ligne de commande Linux
- Scripts Python pour la biologie
- R pour l'analyse de données
- Plateformes en lectures courtes et longues
- Contrôle qualité des lectures
- Choisir la couverture et le plan d'expérience
- Stratégies d'assemblage
- Évaluation de l'assemblage
- Annotation structurale et fonctionnelle
- Orthologie et familles de gènes
- Détection de variants
- Structure des populations et sélection
- Conception d'une étude RNA-seq
- Alignement des lectures et quantification
- Analyse d'expression différentielle
- antiSMASH et prédiction de clusters
- Familles et réseaux de clusters
- Prioriser les clusters à étudier
- Chaînes de traitement d'amplicons
- Métagénomique shotgun
- Profilage taxonomique et fonctionnel
- Gestionnaires de flux de travail
- Conteneurs et environnements
- Dépôts de données et principes FAIR
5.3Stage en entreprise
Ce programme ne comprend pas de stage en entreprise. La pratique est intégrée à chaque module à travers des exercices, des études de cas et le projet final.
5.4Projet final
Un flux de travail bioinformatique complet et reproductible sur un jeu de données fongiques choisi, partagé dans un dépôt documenté.
Méthodologie
6.1Comment il est enseigné
- Séances en direct en ligne, en général hebdomadaires, avec un professionnel en activité et un petit groupe.
- Enregistrements de chaque séance, pour rattraper une séance si votre travail ou le décalage horaire vous empêche d'y assister.
- Exercices et études de cas réels dans chaque module.
- Tutorat : votre formateur répond à vos questions et commente vos exercices et votre projet.
6.2Plateforme et ressources
Un campus virtuel Moodle avec les enregistrements des séances, des lectures, des exercices et des forums pour chaque module. Il vous faut un ordinateur, un navigateur à jour et une connexion stable ; une webcam et un micro sont recommandés.
Configuration technique →6.3Temps de travail hebdomadaire estimé
Environ 8 heures par semaine pendant 24 semaines : une séance en direct de 2 heures en soirée en semaine, plus l'étude et les exercices sur le campus à votre rythme.
Évaluation
7.1Système d'évaluation et pondération
La progression est évaluée par la participation aux séances en direct, des exercices pratiques dans chaque module et un projet final relu par le professeur.
7.2Conditions de réussite
- Suivre tous les modules, en direct ou en regardant les enregistrements.
- Rendre les exercices des modules.
- Faire valider votre projet final par votre formateur.
Équipe pédagogique
8.1Direction pédagogique
Chez Fungaris, l'école « Sciences fongiques » coordonne les contenus et la qualité de ce programme. La personne qui dirige chaque session est indiquée dans le guide de la session.
8.2Formateurs
Le programme est animé par des professionnels en activité. Le formateur de chaque session est confirmé avant le début.
Découvrir nos formateurs →Certification
9.1Certificat délivré
Certificat de spécialisation
À l’issue de la formation et de son projet, Fungaris délivre un Certificat de spécialisation. Les certificats Fungaris sont propres à l’institut. Leur reconnaissance par un employeur, un établissement ou une administration dépend de chaque organisation et des règles locales de chaque pays.
9.2Organisme émetteur / reconnaissance
Délivré par Fungaris (exploité par Nexora Generation, S.L.) au format numérique. C'est un certificat propre à Fungaris : ce n'est pas un titre universitaire officiel et il ne donne pas de crédits ECTS.
À propos de nos certificats →Admission et inscription
10.1Procédure d'admission (étapes)
- Envoyez votre demande via le formulaire ou écrivez au service des admissions.
- Le service des admissions examine votre profil et confirme la date de début, l'horaire des séances et le tarif.
- Vous réservez votre place par un paiement complet ou un acompte de 40 %.
- Vous recevez votre accès au campus et le guide d'accueil avant la première séance.
10.2Documents à fournir
- Une pièce d'identité en cours de validité.
- Coordonnées et informations de facturation (personnelles ou de l'entreprise).
- Un court CV ou une description de votre expérience dans le domaine.
10.3Délais
Les inscriptions pour la session débutant le 11 janvier 2027 sont ouvertes jusqu’au 4 janvier 2027 ou jusqu'à ce que le groupe soit complet (20 participants maximum).
10.4Tarif et modalités de paiement
Tarif : CHF 1’290
- Paiement intégral avant le début : CHF 1’032 (réduction de 20 %).
- Acompte de 40 % (CHF 516) puis 6 mensualités de CHF 129.
10.5Aides, réductions et financements
Réductions : 10 % pour les anciens participants de Fungaris et 15 % pour les groupes de trois personnes ou plus d'une même organisation. Les réductions ne sont pas cumulables entre elles ni avec la réduction pour paiement intégral.
Votre employeur peut financer le programme et recevoir la facture au nom de l'entreprise. La prise en charge par un budget public ou d'entreprise dépend de votre pays : renseignez-vous auprès d'eux.
10.6Politique d'annulation
Les conditions d'annulation, de rétractation ou de report à une session ultérieure figurent dans notre politique d'annulation et dans votre confirmation d'inscription. Rien n'y limite les droits que vous accorde le droit de la consommation applicable.
Annulation et remboursement →Informations complémentaires
11.1Questions fréquentes
Faut-il de l’expérience pour suivre la formation « Certificat de génomique et bioinformatique des champignons » ?
Une formation en biologie et une maîtrise de base de l'informatique sont attendues ; une expérience préalable en programmation est utile mais pas obligatoire. Un ordinateur avec accès à internet est nécessaire.
Comment se déroule la formation « Certificat de génomique et bioinformatique des champignons » ?
En direct en ligne, en 8 modules, avec un professionnel en activité, un petit groupe et un projet final.
Comment suis-je évalué ?
La progression est évaluée par la participation aux séances en direct, des exercices pratiques dans chaque module et un projet final relu par le professeur.
En quoi consiste le projet final ?
Un flux de travail bioinformatique complet et reproductible sur un jeu de données fongiques choisi, partagé dans un dépôt documenté.
Quel certificat vais-je obtenir ?
À l’issue de la formation et de son projet, Fungaris délivre un Certificat de spécialisation. Les certificats Fungaris sont propres à l’institut. Leur reconnaissance par un employeur, un établissement ou une administration dépend de chaque organisation et des règles locales de chaque pays.
Que puis-je étudier après la formation « Certificat de génomique et bioinformatique des champignons » ?
L’étape suivante naturelle est la formation « Programme expert en mycologie ».
11.2Témoignages d'anciens participants
Nous ne publions que des témoignages vérifiés de vrais participants. Ce programme n'en a pas encore ; ils apparaîtront ici à l'issue de ses premières sessions.
11.3Contact admissions
Écrivez à info@fungaris.institute ou utilisez le formulaire de contact. Le service des admissions vous répond dans votre langue.
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