R pour mycologues
Programmation R pratique pour nettoyer, analyser et visualiser des données mycologiques, des relevés de terrain aux essais de croissance.
Un aperçu de ce que vous allez étudier et réaliser.
R pour mycologues est une initiation pratique à la programmation pour les personnes qui travaillent avec les champignons mais n'ont jamais écrit une ligne de code. En six modules, vous passez de l'installation de R et RStudio à l'importation de fiches de terrain désordonnées, à leur mise en forme en tableaux cohérents, aux graphiques avec ggplot2 et aux statistiques dont les essais de croissance et de rendement ont réellement besoin. Les données d'occurrence issues des herbiers et des plateformes en ligne bénéficient d'un module à part entière, car les données de localisation ont leurs propres particularités et étapes de nettoyage.
Les tableurs montrent vite leurs limites dès qu'un projet dépasse quelques centaines de lignes, et les revues, les financeurs et les clients attendent de plus en plus des analyses qu'une autre personne peut vérifier et relancer. Ce cours s'adresse aux mycologues, biologistes, champignonnistes et observateurs de sociétés mycologiques qui veulent cesser de recopier des chiffres à la main et construire des analyses fiables. Pour le projet final, vous partez de votre propre jeu de données, ou de celui fourni par le professeur, et en faites un rapport Quarto reproductible avec des données nettoyées, des figures claires et une courte interprétation statistique.
6 modules, un savoir qui grandit pas à pas.
Survolez ou touchez un module pour suivre le parcours, de la première séance au projet final. Ouvrez un module pour voir les thèmes abordés.
- Installer R et RStudio
- Objets, vecteurs et data frames
- Fonctions, packages et recherche d'aide
- Lire des tableurs et des fichiers CSV
- Principes des données rangées avec dplyr et tidyr
- Corriger noms, dates et unités
- La grammaire des graphiques
- Représenter distributions et comparaisons
- Facettes, thèmes et figures prêtes à publier
- Statistiques descriptives et variabilité
- Tests t et comparaisons simples
- Introduction aux modèles linéaires pour le rendement
- Vérifier les hypothèses
- Télécharger des données depuis GBIF
- Nettoyer coordonnées et noms de taxons
- Cartes simples et graphiques de phénologie
- Programmation lettrée avec Quarto
- Associer code, texte et figures
- Structure de projet et partage des rapports
R pour mycologues
À l’issue de la formation, vous saurez :
- Écrire des scripts R propres pour importer et restructurer des jeux de données mycologiques.
- Produire des figures ggplot2 claires pour des rapports et des présentations.
- Réaliser et interpréter des tests statistiques de base sur des données de croissance et de rendement.
- Nettoyer et cartographier des données d'occurrence d'espèces téléchargées depuis GBIF.
- Construire des rapports reproductibles avec R Markdown ou Quarto.
La place de cette formation dans l’école.
Où cette formation peut vous mener.
Des métiers et des applications qui s’appuient sur ce que vous apprenez ici. Les débouchés dépendent de votre expérience et du marché local.
- Chercheur à l'aise avec les données dans un laboratoire de mycologie ou de phytopathologie
- Responsable des données d'observation pour une société mycologique
- Analyste des essais dans une champignonnière de champignons gourmets
- Assistant de recherche chargé des données d'inventaires de terrain
- Technicien de laboratoire automatisant les synthèses de données courantes
Prérequis, évaluation et certificat.
Conditions d’admission
Aucune expérience en programmation n'est nécessaire ; un ordinateur capable de faire tourner R et RStudio et une familiarité de base avec les tableurs suffisent.
Modalités d’évaluation
La progression est évaluée à travers la participation aux sessions en direct, de courts exercices de programmation à la fin de chaque module et un projet final évalué par le professeur.
Projet final
Un rapport Quarto reproductible qui nettoie, visualise et analyse statistiquement un véritable jeu de données mycologiques.
Certificat
Certificat de cours
À l’issue de la formation et de son projet, Fungaris délivre un Certificat de cours. La reconnaissance des formations est évaluée en fonction du parcours suivi et de la réglementation locale de chaque pays.
Comment la formation progresse, phase par phase.
- Les bases de R et RStudio
- Importer et ranger des données mycologiques
- Visualisation des données avec ggplot2
- Statistiques pour les essais de croissance et de rendement
- Travailler avec des données d'occurrence d'espèces
- Rapports reproductibles avec R Markdown et Quarto
Recherches associées
Questions sur cette formation
Faut-il de l’expérience pour suivre la formation « R pour mycologues » ?
Aucune expérience en programmation n'est nécessaire ; un ordinateur capable de faire tourner R et RStudio et une familiarité de base avec les tableurs suffisent.
Comment se déroule la formation « R pour mycologues » ?
En direct en ligne, en 6 modules, avec un professionnel en activité, un petit groupe et un projet final.
Comment suis-je évalué ?
La progression est évaluée à travers la participation aux sessions en direct, de courts exercices de programmation à la fin de chaque module et un projet final évalué par le professeur.
En quoi consiste le projet final ?
Un rapport Quarto reproductible qui nettoie, visualise et analyse statistiquement un véritable jeu de données mycologiques.
Quel certificat vais-je obtenir ?
À l’issue de la formation et de son projet, Fungaris délivre un Certificat de cours. La reconnaissance des formations est évaluée en fonction du parcours suivi et de la réglementation locale de chaque pays.
Que puis-je étudier après la formation « R pour mycologues » ?
L’étape suivante naturelle est la formation « Certificat en bioinformatique fongique ».
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